Shrek (Meyers) en Fiona (Diaz) zijn waarnemend koning en koningin. Ze vinden er maar niets aan, dus gaan ze samen met Donkey (Murphy) en Puss In Boots (Banderas) op zoek naar de ware troonopvolger. Dat blijkt een neef van Koningin Lillian te zijn, Artie, die op kostschool zit en totaal geen interesse heeft in het koningschap. Terwijl Shrek en Fiona weg zijn, is Prince Charming bezig met een staatsgreep om Far Far Away over te nemen.